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目次
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DepMap 数据库简介
DepMap 包含的数据类型
数据类型
24Q2 版块详备文献列表
DepMap 在线个性化分析和数据探索器具
个性化分析
数据探索器具
转头
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DepMap 数据库简介
https://depmap.org/portal/ ( https://depmap.org/portal/ )
DepMap（The Cancer Dependency Map）是一个旨在创建详备癌症细胞依赖图谱的探求名目。它通过整合大都的癌症细胞系中的基因敲除实验和基因抒发变化实验的数据，匡助探求者更好地分解癌症的机制并发展新的治愈计策。DepMap 数据库提供了丰富的数据分析器具和算法，用于探求基因之间的互相作用和依赖联系，并通过直不雅的数据可视化器具呈现这些联系。这些数据和器具关于癌症探求和药物树立具有时常的应用价值，不错匡助探求东说念主员识别关节的癌症关联基因、探求基因调控聚集、发现新的治愈靶点等.
现在DepMap 的数据的最新版块为 24Q2，本文的先容也主如若 24Q2 版块。
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DepMap 数据库的秉性包括：
数据起首万般性：数据来欢悦师各地的探求机构和实验室，包括 Broad Institute、Sanger Institute 等.
数据类型全面：包含基因敲除实验和基因抒发变化实验的数据，以及药物筛选数据.
数据分析器具：提供了丰富的数据分析器具和算法，支撑基因聚集分析、基因功能戒备、基因关联分析等.
数据可视化：提供了直不雅的数据可视化器具，便于探索和分析数据.
DepMap 数据库的应用鸿沟包括：
癌症探求：匡助探求东说念主员分解癌症的生物学机制.
药物树立：评估药物的疗效和毒性，加快新药的研发程度.
个性化治愈：评估不同药物对特定基因突变的敏锐性，为领受最好的个体化治愈决议提供依据.
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DepMap 包含的数据类型
3.1
数据类型
DepMap 数据库主要包含以下几个大类。
CRISPR Screens
Standard KO Screens (Broad)* 1030
Score (Sanger) 315
RNAi Screens
Marcote 65
Achilles (Broad) 497
Drive (Novaris) 395
Sequencing
WES (Broad)* 839
WES (Sanger) 1027
WGS (Broad)* 559
RNA (Broad)* 1517
Drug Screens
CTD (Broad) 178
Repurposing (Broad) 911
GDSC (Sanger) 966
Proteomics
RPPA (CCLE) 898
MS (CCLE) 375
Methylation
CCLE 843
Other Datasets
miRNA (CCLE) 953
3.2
24Q2 版块详备文献列表
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3.3
24Q2 版块文献的详备先容
中英版块的Readme文献包含了关于每一个文献的详备先容，关联的文献施行太长，放在了本期的另外两个推文当中，有需要详备稽察万般数据先容的不错稽察相应的著作。
中语版块的 Readme 文献
英文原版块的 Readme 文献
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DepMap 在线个性化分析和数据探索器具
4.1
个性化分析
DepMap 的个性化分析职业网址 DepMap Data Custom Analyses ( https://depmap.org/portal/interactive/custom_analysis )
底下我将从一个小例子运转先容。
DepMap 个性化分析示例
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上图是 DepMap 个性化分析的界面。接下来装配按照不同的数字区域进行先容。
个性化分析主要分为两种关联分析和各别分析，关联分析基于Peasrson 关联分析，各别分析应该是基于 T 检修概况 wilcox 检修。两种分析都通过q value来细目显耀性。
不错使用 DepMap 的数据集概况我方上传数据集（我方上传数据集时，行是 cell line）。这里以流程批次翻新之后的基因抒发数据为例。
和 2 近似，然则这个位置不错详备的领受思要探求的基因，化合物概况其他。领受好基因之后，不错领受思要分析的数据类型。这里以 TRPV1 基因的拷贝数为例。即：分析不同的 TRPV1 拷贝数和其他基因抒发的关联性。
这部分不错指定分析的细胞系。领受一皆之后点击 Run 按钮。插足以下分析界面。
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上图等于个性化分析之后的着力，底下将按照不同的数字标志区域进行先容。
关联分析的火山图着力，最右边的 EMC6 基因的抒发和 TRPV1 的拷贝数水平显耀正关联。5 是 EMC6 基因抒发和 TRPV1 拷贝数散点图（该区域不错通过 3 区域进行领受不同的基因，从而看其他基因和 TRPV1 的散点图）。
关联分析的表格着力。包含基因称呼、关规划数、P 值、Q 值和细胞统共目。
是分析的火山图概况表格着力的展示区域。不错进行具体细胞系的领受。
图像的迂曲区域，不错迂曲图像类型，坐标轴类型等。4 底下还有颠倒的区域，不错进行一些颠倒的操作，具体不错我方探索。
具体的分析着力的展示区域。
4.2
数据探索器具
DepMap 数据探索网址 ( https://depmap.org/portal/data_explorer_2 )
个性化分析部分主如若关联分析和各别分析，而数据探索部分则更像是稽察某个基因自身的数据散播情况。以底下的分析着力为例。
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图片绘画的选项区域
Plot Type：图片类型，不错领受一维密度图、瀑布图、散点图和关联性热图。
其他：字据 Plot Type 的不同，底下会有不同的选项，感爱慕的不错进一步探索。
图片展示区域，不错下载分析的图片，迂曲边幅等等。
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转头
DepMap 是一个全面而弘大的细胞系关联的数据库，而且其自身提供了丰富的在线分析器具，不错便捷的进行数据探索。DepMap 的一大特色等于提供了丰富的数据类型：基因抒发、拷贝数、突变、卵白组、基因敲除等等。这些丰富的数据不错提供多种分析和挖掘的角度，关于 DemMap 数据库的运用不错为咱们的探求增光添彩。
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